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Le 30 mai 1967, le colonel Ojukwu, un officier biafrais, annonce l'établissement de la République du Biafra, avec Enugu pour capitale. Pour comprendre ce mouvement sécessionniste, il faut rappeler que cette région est celle du peuple igbo, qui forme à l'époque environ 19 % de la population du Nigeria. De plus, cette région recèle près des deux tiers des gisements de pétrole du pays, autrement dit l'essentiel des revenus du pays. Cinquante ans plus tard, beaucoup craignent des éruptions de violence.
Le 30 mai 1967, le gouverneur militaire du Nigeria oriental, Odumegwu Ojukwu, proclame la « République indépendante du Biafra », deux jours après la décision du chef de l'État Yakubu Gowon de diviser la fédération en 12 États, dont 3 pour le sud-est du Nigeria, réserve pétrolière du pays.
Le Biafra, moins de 10 % du territoire nigérian, compte alors 14 millions d'habitants sur les 55 de la fédération. Sa population, en majorité chrétienne, est composée aux deux tiers d'Igbos.
Depuis son indépendance en 1960, le pays était parvenu à préserver son unité au sein d'une fédération. Mais les Igbos se sentaient exclus de la vie socio-politique, et même persécutés par les deux autres principales ethnies, les Haoussa-Foulani (nord) et les Yorouba (sud-ouest).
En janvier 1966, le Nigeria connait son premier coup d'État, mené par un Igbo, suivi, en juillet, par un contrecoup nordiste. Des massacres d'Igbos ont lieu dans le Nord, et près de deux millions de réfugiés regagnent leur région.
Dès l'annonce de la proclamation de la « République du Biafra », des manifestations de liesse populaire ont lieu dans la province sécessionniste.
Mais le gouvernement fédéral ne peut accepter cette séparation : l'Est est la région la plus riche en ressources agricoles, minières et avant tout pétrolières.
Yakubu Gowon annonce la mobilisation générale et qualifie la proclamation de l'État du Biafra d'« acte de rébellion », qui sera « écrasé ». Les autorités militaires fédérales mettent en place un blocus contre le Nigeria du Sud-Est.
Le 6 juillet 1967, l'armée déclenche une offensive générale. Les premiers bombardements de l'aviation commencent. En octobre, les « fédéraux » prennent Enugu, capitale du Biafra, puis le port de Calabar. Onitsha et Port Harcourt seront repris dans les premiers mois de 1968.
La portée du conflit dépasse les frontières du pays. La Grande-Bretagne, l'Union soviétique et l'Organisation de l'unité africaine (OUA, future Union africaine) s'allient au gouvernement fédéral, alors que seuls quelques pays africains et la France soutiennent le Biafra.
Le 3 juillet 1968, un représentant de la Croix-Rouge estime entre 8 millions et 12 millions le nombre de personnes affectées par le conflit. Selon lui, 200 personnes meurent de faim chaque jour au Biafra.
En août, un envoyé spécial de l'AFP raconte : « On croirait voir défiler des fantômes, maigres et silencieux, drapés dans leurs loques grises. (...) Presque tous sont des femmes et des vieillards. Il n'y a plus beaucoup d'enfants au Biafra. (...) Les réfugiés vont le ventre creux, fuyant le bruit des canons des fédéraux. L'étau se resserre. »
Fin août, il parle d'un million de nouveaux réfugiés en quinze jours après l'avance des troupes fédérales. « Une personne meurt tous les quarts d'heure. Les réfugiés meurent de faim et d'épuisement », écrit-il.
La famine va être médiatisée. Les photos d'enfants en détresse, de ventres ballonnés par la malnutrition et le rachitisme, choquent.
Une poignée de médecins français déterminés, travaillant pour le Comité international de la Croix-Rouge (CICR), dont le futur ministre français Bernard Kouchner, décident de ne plus respecter ni conventions ni frontières politiques pour intervenir au nom de l'humanitaire. Ils créeront fin 1971 Médecins sans frontières.
En août-septembre 1968, l'armée lance une importante offensive et reprend plusieurs villes, dont Aba. En mars-avril 1969, la nouvelle capitale biafraise, Umuahia, tombe aux mains de l'armée.
Après des raids des « rebelles » contre les puits de pétrole, les « fédéraux » renforcent leur blocus puis interdisent les vols de la Croix-Rouge internationale. Seules les églises chrétiennes et la Croix-Rouge française continuent leurs vols humanitaires dans des conditions de plus en plus périlleuses.
Début janvier 1970, l'armée fédérale lance son dernier assaut.
Le 15 janvier, le cauchemar prend fin : le Biafra n'existe plus. Ojukwu a fui le 11 janvier en Côte d'Ivoire, et son second, Philip Effiong, a officialisé le matin même à Lagos la reddition du Biafra auprès du général Gowon, reddition acquise depuis trois jours.
Le « Nigeria uni » reprend sa place. « Pas de vainqueur ni de vaincu », déclare le général Gowon, qui prône la réconciliation nationale. Toutefois, le conflit crée un immense ressentiment entre le Sud-Est et le reste du pays, et restera un grand tabou dans la mémoire collective. L'Est reprend sa place dans la Fédération, mais la guerre civile a donné un poids considérable à l'armée, dont les coups d'État vont ponctuer la vie politique jusqu'en 1999.
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